Türkiye'nin en güncel forumlardan olan forumdas.com.tr'de forumda aktif ve katkısı olabilecek kişilerden gönüllü katkıda sağlayabilecek kişiler aranmaktadır.
iltasyazilim
FD Üye
Apoptozom Nedir Apoptozom Hakkında Data
Apoptozom yapısı polimorfik nitelik göstermektedir Bazen 7 ’li ara sıra 6 ’lı monomerlerden oluştuğu gözlenmiştir Apoptozomun merkezi bileşeni olan Apaf1 proteini takriben 130kDa ’luk bir proteindir ve 1194 aminoasitten oluşur Üç öbür işlevsel bölgesi vardır
Nterminal CARD bölgesi
Nükleotid bağlanma ve oligomerizasyon bölgesi (NBARC)
12–13 tekrardan oluşan WD40 tekrarları
Cterminal ucu Kaspaz kümelenme bölgeleri (CARD); Kaspaz9 ’un öncülüne homotipik etkileşim ile bağlanarak, prokaspaz9 kümelenmesi ve aktivasyonuna arabuluculuk eder (83, 90) Apaf1 oligomerizasyonu için, sitokromc ve dATP varlığında, nükleotid bağlayan bölge gereklidir (90) Bu alan CARD ile WD40 tekrarları arasındadır ve ATPaz aktivitesi içermektedir ATPaz aktivitesi ile Apaf1 molekülünde meydana gelen yapısal değişim sonucunda apoptozom kompleksi oluşur ATPaz bölgesinin kapatılması apoptozom yapısının oluşmasını engeller WD40 tekrarları iki alan olarak düzenlenmiştir ve sitokromc ’nin bağlanması için gereklidir
Oligomerizasyon gerçekleşirken dATPATP, Apaf1 ’in nükleotid bağlayan bölgesine bağlanır ve hidrolize olur dATP Apaf1 ’e, sitokromc ile bağlanmayı sağlayabilmek için inaktif aşamada bağlanır sonradan sitokromc, Apaf1 ’e bağlanır, dATP hidrolize olur ve multimerik karışık oluşturur Son olarakta prokaspaz9 kümelenmesi gerçekleşir Aktifleşen kaspaz9 sonraki aşamalarda ödev yapacak kaspazları aktifleştirmek için kompleksten ayrılır) Kaspaz9 ’un kompleksten ayrılmasında devir alan WD40 yapısıdır
Elektron mikroskopi çalışmalarında, apoptozomun tekerleğe benzer heptamerik karmaşık bir inşa olduğu açığa çıkarılmıştır Apaf1 ’in CARD bölgesi merkezde yer alırken, WD40 tekrarları uzantı kısımlarında bulunmaktadır Kaspaz9 ’un apoptozom ile etkileşime geçmesi apoptozomun merkezinde kubbe biçiminde bir inşa oluşması ile sonuçlanır Apoptozom kompleksi oluşunca artık kaspaz9 ’u aktiflemek için hazırdır
Kaspaz9 ’un aktivasyonu ile ilgili iki model ileri sürülmektedir
1) Hızlandırılmış dimerizasyon modeli: Kaspaz9 fizyolojik şartlarda monomerler biçiminde bulunur ve yüksek konsantrasyonlarda olmasına rağmen monomer yapılar büyük oranda inaktiftir Oysa dimer yapıları katalitik olarak aktiftir Biyokimyasal ve yapı analizler dimerik kaspaz9 ’un sadece bir faal bölgesinin olduğunu, öteki bölgenin substrat bağlayamadığını göstermiştir Hızlandırılmış dimerizasyon modelinde heptamerik apoptozom, 7 adet inaktif prokaspaz9 molekülünü kümelemekte ve bunları birbirine yakınlaştırmaktadır Apoptozomdaki prokaspaz9 monomerleri yüksek konsantrasyonlarda ilave prokaspaz9 monomerlerinin de kümelenmesini sağlamakta ve bu nedenle dimerize olarak aktif ülkü gelmektedirler Bu modelde apoptozoma emrindeki kaspaz9 molekülleri bağımsız olarak kendi eşlerini kümeleyebilmektedirler 2) Konformasyon uyarım modeli: Apoptozomda yer alan kaspaz9 ’un yüksek katalitik aktivite göstermesi, kaspaz9 ’da bir yapı değişim olduğunu ve bu değişikliğinde yüksek Km veveya Kcat ’i sağladığını göstermektedir
Uyarımlı konformasyon modelinde, yapısal değişim kaspaz9 apoptozomda kümelenmeye başladığında görülür Bu hipoteze tarafından; Apaf1 ’in CARD bölgesi kaspaz9 ile multimerik kompleks yapısı oluşturmakta, bu da kaspaz9 aktivitesinde bir yükselme ile sonuçlanmaktadır Apaf1 ’in CARD bölgesi sadece kaspaz9 öncülü ile stabil heterodimer oluşturmaktadır Bu büyük CARDkaspaz9 kompleks oluşumu, kaspaz9 katalitik daha alçak ünitesi ve Apaf1 ’in CARD bölgesi arasında ilave bir ara yüz içermektedir Bu ek ara yüzün kaspaz9 ’un ileri aktivasyonu için gerekli yapı değişikliği hızlandırdığı düşünülmektedir *
Apoptozom yapısı polimorfik nitelik göstermektedir Bazen 7 ’li ara sıra 6 ’lı monomerlerden oluştuğu gözlenmiştir Apoptozomun merkezi bileşeni olan Apaf1 proteini takriben 130kDa ’luk bir proteindir ve 1194 aminoasitten oluşur Üç öbür işlevsel bölgesi vardır
Nterminal CARD bölgesi
Nükleotid bağlanma ve oligomerizasyon bölgesi (NBARC)
12–13 tekrardan oluşan WD40 tekrarları
Cterminal ucu Kaspaz kümelenme bölgeleri (CARD); Kaspaz9 ’un öncülüne homotipik etkileşim ile bağlanarak, prokaspaz9 kümelenmesi ve aktivasyonuna arabuluculuk eder (83, 90) Apaf1 oligomerizasyonu için, sitokromc ve dATP varlığında, nükleotid bağlayan bölge gereklidir (90) Bu alan CARD ile WD40 tekrarları arasındadır ve ATPaz aktivitesi içermektedir ATPaz aktivitesi ile Apaf1 molekülünde meydana gelen yapısal değişim sonucunda apoptozom kompleksi oluşur ATPaz bölgesinin kapatılması apoptozom yapısının oluşmasını engeller WD40 tekrarları iki alan olarak düzenlenmiştir ve sitokromc ’nin bağlanması için gereklidir
Oligomerizasyon gerçekleşirken dATPATP, Apaf1 ’in nükleotid bağlayan bölgesine bağlanır ve hidrolize olur dATP Apaf1 ’e, sitokromc ile bağlanmayı sağlayabilmek için inaktif aşamada bağlanır sonradan sitokromc, Apaf1 ’e bağlanır, dATP hidrolize olur ve multimerik karışık oluşturur Son olarakta prokaspaz9 kümelenmesi gerçekleşir Aktifleşen kaspaz9 sonraki aşamalarda ödev yapacak kaspazları aktifleştirmek için kompleksten ayrılır) Kaspaz9 ’un kompleksten ayrılmasında devir alan WD40 yapısıdır
Elektron mikroskopi çalışmalarında, apoptozomun tekerleğe benzer heptamerik karmaşık bir inşa olduğu açığa çıkarılmıştır Apaf1 ’in CARD bölgesi merkezde yer alırken, WD40 tekrarları uzantı kısımlarında bulunmaktadır Kaspaz9 ’un apoptozom ile etkileşime geçmesi apoptozomun merkezinde kubbe biçiminde bir inşa oluşması ile sonuçlanır Apoptozom kompleksi oluşunca artık kaspaz9 ’u aktiflemek için hazırdır
Kaspaz9 ’un aktivasyonu ile ilgili iki model ileri sürülmektedir
1) Hızlandırılmış dimerizasyon modeli: Kaspaz9 fizyolojik şartlarda monomerler biçiminde bulunur ve yüksek konsantrasyonlarda olmasına rağmen monomer yapılar büyük oranda inaktiftir Oysa dimer yapıları katalitik olarak aktiftir Biyokimyasal ve yapı analizler dimerik kaspaz9 ’un sadece bir faal bölgesinin olduğunu, öteki bölgenin substrat bağlayamadığını göstermiştir Hızlandırılmış dimerizasyon modelinde heptamerik apoptozom, 7 adet inaktif prokaspaz9 molekülünü kümelemekte ve bunları birbirine yakınlaştırmaktadır Apoptozomdaki prokaspaz9 monomerleri yüksek konsantrasyonlarda ilave prokaspaz9 monomerlerinin de kümelenmesini sağlamakta ve bu nedenle dimerize olarak aktif ülkü gelmektedirler Bu modelde apoptozoma emrindeki kaspaz9 molekülleri bağımsız olarak kendi eşlerini kümeleyebilmektedirler 2) Konformasyon uyarım modeli: Apoptozomda yer alan kaspaz9 ’un yüksek katalitik aktivite göstermesi, kaspaz9 ’da bir yapı değişim olduğunu ve bu değişikliğinde yüksek Km veveya Kcat ’i sağladığını göstermektedir
Uyarımlı konformasyon modelinde, yapısal değişim kaspaz9 apoptozomda kümelenmeye başladığında görülür Bu hipoteze tarafından; Apaf1 ’in CARD bölgesi kaspaz9 ile multimerik kompleks yapısı oluşturmakta, bu da kaspaz9 aktivitesinde bir yükselme ile sonuçlanmaktadır Apaf1 ’in CARD bölgesi sadece kaspaz9 öncülü ile stabil heterodimer oluşturmaktadır Bu büyük CARDkaspaz9 kompleks oluşumu, kaspaz9 katalitik daha alçak ünitesi ve Apaf1 ’in CARD bölgesi arasında ilave bir ara yüz içermektedir Bu ek ara yüzün kaspaz9 ’un ileri aktivasyonu için gerekli yapı değişikliği hızlandırdığı düşünülmektedir *
